Согласно местной легенде, один из древнейших храмов на территории России – церковь святого Иоанна Предтечи была возведена в Керчи с благословения одного из двенадцати апостолов Иисуса Христа, в честь которого и получила свое название. Об этом свидетельствует и главная реликвия храма – каменная доска с отпечатком его ступни, а набирающаяся в отпечаток дождевая вода, - почитается как целебная.

О точной дате строительства главной святыни города и по сей день ведутся жаркие споры. Великолепный памятник византийской архитектуры хранит в своем основании остатки древнейшего храма VI века. Большая часть современной церкви была возведена в X веке, а в кладке стен были обнаружены керамические амфоры VIII века, используемые в те времена для лучшей акустики. Колокольня храма и вовсе датируется XIX веком и принадлежит итальянскому архитектору Александру Дигби, тому же, кто построил знаменитую лестницу, ведущую на вершину горы Митридат. Усердно замазанные средневековые фрески, лучше всех повествуют историю храма в период Крымского ханства, когда в его стенах находилась мусульманская мечеть. Очертания оригинальных фресок XIV века можно увидеть и в наши дни, благодаря основательной реставрации церкви в конце XX века. В остальном же внутреннее убранство храма состоит из серых мраморных колонн и капителей, а также античных надгробных стел, вмонтированных в южную стену. Особого внимания заслуживают древние реликвии церкви, среди которых деревянная чаша VI века с изображениями Христа Спасителя и Распятия, Богоматери и святого Иоанна Предтечи и две серебряные чаши XVI-XVII веков и конца XVIII века. Когда-то в церковной библиотеке можно было увидеть древние греческие манускрипты, включая Евангелие XI века, но годы Великой Отечественной Войны беспощадно уничтожили большинство произведений сакрального искусства.