Впервые в исторических источниках поместье Мальмезон упоминалось в XIV веке, когда эти земли приобрел Гийом Гуде (Guillaume Goudet), один из верноподданных французского короля Карла VI. Однако доподлинно известно, что поместье существовало задолго до этого времени, и, согласно древней легенде, его название произошло от mal maison, что в переводе означает «дурной дом», ведь именно сюда привозили свою добычу разбойники норманны. Гуде владели землями в Рюэй-Мальмезоне, где находится поместье, вплоть до 1763 года. В это время и был построен дворец Мальмезон, хотя на тот момент он был похож на небольшой особняк провинциального города.

Всемирную славу поместью принесла императрица Жозефина де Богарне. Бывал здесь и Наполеон Бонапарт, что сбегал от суеты, которая обычно царила во дворце Тюильри в Париже. Тогда Наполеон еще не был французским императором, он был первым консулом и часто устраивал в Мальмезоне неофициальные встречи. Для этой цели во дворце были созданы зал заседаний, рабочий кабинет и библиотека. В начале XIX века Наполеон и Жозефина покинули поместье, но супруга будущего императора так и не смогла отказаться от «уютного гнездышка» и часто возвращалась сюда, а влюбленный Наполеон стремился угодить возлюбленной и нанимал лучших архитекторов и декораторов, чтобы украсить Мальмезон согласно ее вкусам. Даже после развода он оставил ей поместье, где она принимала выдающихся личностей не только Франции, но и других государств. Буквально за несколько дней до кончины Жозефины Мальмезон посетил Александр I – российский император.

После смерти императрицы поместье перешло по наследству к ее сыну, а затем было продано испанской королеве Марии Кристине де Бурбон. Позднее Мальмезон переходил из рук в руки, пока не был передан в собственность Франции. В 1906 году в его роскошных залах открылся музей наполеоновской эпохи, были восстановлены интерьеры в стиле Первой империи, предметы антикварной мебели и произведения искусства. В настоящее время Мальмезон один из немногих сохранивших до наших дней памятников архитектуры с оригинальным внутренним убранством времен Наполеона I.