История одного из самых известных храмов чешской столицы началась еще в Раннем Средневековье. О существовании древнего романского храма на месте нынешней церкви Святого Николая было известно еще в 1273 году, о чем свидетельствуют исторические документы бенедиктинского Бржевновского монастыря. Конечно, от древнего храма современной святыне досталась лишь пара развалин, что легли в основу фундамента церкви, и имя Святого Николая, в честь которого ее освятили.
В середине XIV века древний храм был перестроен в прекрасную готическую церковь с двумя стройными башнями и собственным кладбищем. В стенах новой церкви читали свои знаменитые проповеди такие легендарные личности, как чешский священник и писатель Ян Милич. Уже в те далекие времена церкви пророчили стать гуситской обителью, какой она и является в наши дни. Однако пророчество храму сбылось не сразу, не быстро. Была старинная церковь и лютеранской, и католической, и православной. Менялся и внешний облик святыни от готики к ренессансу, а после и вовсе сгорел дотла.
Тот величественный памятник сакральной архитектуры, что возвышается на Староместской площади современной Праги, был воздвигнут в середине XVII века по проекту известного архитектора Килиана Игнаца Динценхофера. Великолепная барочная базилика, высотой 49 метров с высокими стройными башнями и огромным центральным куполом, богато украшена лепниной итальянского скульптора Бернардо Спинетти и статуями чешского скульптора Антонина Брауна. Здесь можно увидеть аллегорические фигуры Старого и Нового Завета; Веры, Надежды и Любви; скульптуры святых и покровителей Чехии, а также статуи Милосердия и Святого Николая, в честь которого и был назван храм.
Внутреннее убранство храма поражает оригинальными фресками со сценами из жизни Святых Николая и Бенедикта, работы талантливого баварского живописца Космас Домиана Азама (Cosmas Damian Asam).