Les premiers colons de la ville d’Argentine Santa Fe étaient les moines de l’ordre des frères mineurs, disciples des premiers moines de l’ordre de Saint François d’Assise. C’était au milieu du XVIIe siècle, lorsque la construction de la basilique franciscaine a commencé. Pendant les dix premières années de son existence, c’était une petite construction avec un toit de chaume. La construction du complexe religieux moderne a commencé en 1673 et a duré 15 ans.

Dans l’aile est du complexe, un couvent catholique a été construit avec plusieurs cellules et salles de service pour la communauté religieuse locale. Toutes les cellules étaient construites sur trois rangées et atteignaient le sanctuaire de l’aile ouest. Cette structure quadrangulaire du complexe formait une cour sacrée, autour du périmètre de laquelle étaient plantés des orangers de la variété paraguayenne d’arbres à longue durée de vie. Certains d’entre eux peuvent être observés aujourd’hui.

À la fin du XIXe siècle, une reconstruction mineure du complexe de la basilique a été réalisée, à la suite de laquelle la façade du bâtiment a été reconstruite dans le style italien classique. Pourtant, la partie la plus intéressante de la basilique est son toit en bois, qui a été assemblé et attaché à la structure principale par des autochtones sans un seul clou.

L’intérieur de l’une des plus anciennes basiliques du pays attire surtout l’attention avec son mobilier bien conservé de l’époque coloniale. Son maître-autel a été apporté d’Espagne au XVIIIe siècle. Il était destiné au temple des jésuites, qui ne l’ont pas accepté. C’est pourquoi le maître-autel a été offert aux franciscains, qui l’ont volontiers installé dans leur édifice. À sa droite se trouvent les icônes du Jésus-Christ, réalisées par le maître espagnol Alonso Cano et offertes au sanctuaire par la reine Marie-Anne (Marianne) d’Autriche d’Espagne.

La place centrale de la basilique est occupée par une table en bois avec une égratignure laissée par une griffe de jaguar. Selon certaines sources, un félin sauvage a nagé le long de la rivière pendant l’inondation, atteint la basilique et s’est frayé un chemin dans l’une des pièces d’édifice. Dans la soirée, personne n’a remarqué l’animal dangereux et le matin, il a tué trois prêtres et un citoyen. La bête a été tuée par une patrouille armée de la ville, mais les traces de son séjour sont restées à jamais sur la table sacrée.