Selon la légende locale, l’une des plus anciennes églises de Russie, l’église Saint-Jean-Baptiste, a été érigée à Kertch avec la bénédiction de l’un des douze apôtres de Jésus-Christ, après qui elle a obtenu son nom. Cette histoire se reflète dans la relique principale du temple — une plaque de pierre avec l’empreinte de son pied, et l’eau de pluie accumulée dans l’empreinte est considérée comme curative.
À ce jour, la date exacte de la construction du sanctuaire principal de la ville est au centre des discussions vives. Ce magnifique monument d’architecture byzantine conserve les vestiges du plus ancien sanctuaire du VIe siècle. La grande partie de l’église moderne a été érigée au Xe siècle, et des amphores en céramique du VIIIe siècle ont été trouvées dans la maçonnerie des murs, utilisée à l’époque pour une meilleure acoustique. Le clocher de l’église, datant du XIXe siècle, est l’œuvre de l’architecte italien Alexander Digby, qui a également construit le célèbre escalier menant au sommet du mont Mithridate. Les fresques médiévales diligemment enduites racontent mieux l’histoire du sanctuaire pendant la période du khanat de Crimée, lorsqu’une mosquée était située à l’intérieur de ses murs. Les contours des fresques originales du XIVe siècle peuvent être vus de nos jours, grâce à la restauration approfondie de l’église à la fin du XXe siècle. Pour le reste, l’intérieur du sanctuaire se compose de colonnes et de chapiteaux en marbre gris, ainsi que d’anciennes stèles de pierres tombales montées dans le mur sud. Il faut porter l’attention particulière aux anciennes reliques de l’église, notamment un bol en bois du VIe siècle avec des images du Jésus-Christ et de la Crucifixion, la Mère de Dieu et Saint-Jean-Baptiste, et deux bols en argent des XVIe-XVIIe siècles et de la fin du XVIIIe siècle. Une fois dans la bibliothèque de l’église, on pouvait voir des manuscrits grecs anciens, y compris l’Évangile du XIe siècle, mais les années de la Grande Guerre patriotique ont détruit sans pitié la plupart des œuvres d’art sacré.