À première vue, la petite ville estonienne de Võru, où seulement quelques milliers d'habitants vivent et où la plupart des bâtiments de la ville sont des bâtiments en bois d'un étage, ressemble plus à un village qu'à une ville moderne avec une histoire riche. Et seuls deux sanctuaires de la ville, les églises orthodoxes et luthériennes, rappellent aux invités l'ancienne grandeur de la ville, fondée par l'impératrice Catherine II la Grande elle-même. Malgré des confessions différentes, les deux églises ont été construites en l'honneur de l'impératrice, bien qu'officiellement l'église orthodoxe ait été consacrée en l'honneur de la grande martyre Catherine d'Alexandrie.

Dès le début de la construction, l'église luthérienne portait le nom de la grande impératrice russe, car elle a non seulement autorisé les habitants de Võru à construire un sanctuaire luthérien, mais a également fait don de 28000 roubles en argent pour sa construction. La construction de la nouvelle église a duré 5 ans sous la direction du célèbre maître de Riga Christoph Haberland. L'inauguration du magnifique monument de style baroque classique a eu lieu en 1793. Le même jour, l'église luthérienne a été consacrée en l'honneur de Catherine.

Initialement, le clocher de l'église était beaucoup plus haut, mais au XIXe siècle, la foudre l'a frappé et a presque détruit le clocher. La restauration a été effectuée en 1879, et bien que le bâtiment ait perdu la plupart des éléments décoratifs d'origine, il a conservé sa structure de base à ce jour. À la suite de la restauration, l'église Sainte-Catherine a reçu un chapiteau et une élégante horloge en bronze, créée en Allemagne à la fin du XIXe siècle.

Plus tard, au début du XXe siècle, l'église luthérienne a été équipée d'un éclairage électrique et d'un chauffage centralisé, et en 1931, l'ancienne horloge en bronze a été remplacée par une horloge en acier moderne fabriquée dans la ville allemande de Bochum. L'horloge orne l'ancienne église aujourd'hui, presque rien n'a changé dans l'apparence extérieure du sanctuaire à la suite de la dernière restauration en 2017.