Fondé en 1803, le jardin botanique de l'Université de Tartu est le plus ancien jardin botanique non seulement d'Estonie, mais aussi de toute la région baltique. Aujourd'hui, il est difficile de croire que seuls les citoyens nobles de l'ancienne ville estonienne se promenaient autrefois dans le jardin. Même au début du XIXe siècle, les oasis vertes étaient fermées au public, c’est pourquoi les habitants de Tartu n'ont pas perdu leur attitude respectueuse envers les arbres centenaires et les plantes exotiques qui fleurissent dans ses serres.

En fait, le jardin que les touristes voient aujourd'hui a été ouvert sur le site d'un autre parc appelé « Vanemuise », et la superficie de l'ancien jardin était beaucoup plus modeste. À cette époque, il était situé près des remparts de la ville au-dessus du bastion d'Ulrica Eleonora et était un coin recouvert d'arbres denses, ressemblant plus à une petite forêt qu'à un jardin ou un parc.

Ce n'est qu'en 1868 que chaque représentant de la flore du jardin a reçu une plaque décrivant l'origine et les propriétés de la plante. C'est à cette époque que le jardin a commencé à ressembler à un jardin botanique, ce qui attirait l'attention des jardiniers et des botanistes. Malheureusement, sa prospérité a été interrompue par les événements de la Seconde Guerre mondiale. En 1944, le jardin a été endommagé par une explosion qui a non seulement détruit les anciennes serres, mais a également tué le directeur du jardin botanique, botaniste estonien Teodor Lippmaa. Le monument à l'académicien Teodor Lippmaa et le monument au fondateur du jardin botanique, Gottfried Albert Germannile, peuvent être vus dans l'une des allées du jardin botanique moderne de la ville de Tartu.

Dans les années d'après-guerre, la restauration de nombreux monuments historiques et culturels a commencé. August Vaga s’est occupé de la restauration du jardin botanique, mais la belle oasis a atteint son apogée un quart de siècle plus tard, lorsque sa superficie est passée à 2,5 hectares et qu'une maison de palme a été ouverte sur son territoire. Actuellement, plus de 6,5 mille plantes, fleurs et arbres poussent dans le jardin, dont le plus grand érable d'Estonie avec un diamètre de tronc de plus de 4 mètres.